因西、北、绥江在境内汇流，故名三水。
2002年12月8日，国务院批准（国函[2002]109号）调整佛山市行政区划：撤销县级三水市，设立佛山市三水区。以原县级三水市的行政区域为三水区的行政区域。区人民政府驻人民三路。2003年1月8日正式挂牌。
2000年，三水市辖4个街道、7个镇。总人口：440,119。各乡镇人口： 西南街道：194,030，河口街道：23,708，金本街道：26,361，南边街道：28,611，青岐镇：7,042，大塘镇：34,446，六和镇：14,220，乐平镇：30,404，范湖镇：13,719，白坭镇：32,163，芦苞镇：35,415。（根据第五次人口普查数据。单位：人）
2001年，三水市辖11个镇（街道）。
2002年，三水市3个街道（西南、金本、南边）、6个镇（芦苞、大塘、乐平、白坭、六和　河口）。 　2003年，三水区调整镇级行政区划，仅保留4镇1街道：撤销六和镇，将其行政区域并入大塘镇；撤销南边街道办事处，将其行政区域（除宝月村委会外）并入乐平镇；撤销河口镇、金本街道办事处，将其行政区域并入西南街道办事处。调整后辖1个街道、4个镇：西南街道、白坭镇、乐平镇、芦苞镇、大塘镇。　 截至2005年12月31日，三水区辖1个街道（西南）、4个镇（芦苞、大塘、乐平、白坭）。
西南街道办事处（440607001）　辖13个社区（云秀、文锋西、文锋东、月桂、园林、桥头、耀华、康乐、沙头、张边、布心、金本、河口）、18个村委会（董营、高丰、横涌、邓岗、石湖洲、辑罗、上九、伏户、宝月、大塱山、青岐、鲁村、杨梅、南岸、五顶岗、洲边、江根、基塘）；云东海旅游经济区。 　　大塘镇（440607101）　辖2个社区（禾生、大塘）、8个村委会（永丰、莘田、永平、连滘、大塘、六一、六和、潦边）。
乐平镇（440607103）　辖3个社区（乐平、范湖、南边）、14个村委会（新旗、乐平、华布、三溪、念德、黄塘、保安、源潭、三江、南联、范湖、大岗、竹山、湖岗）。 　　白坭镇（440607104）　辖1个社区（富景）、2个村委会（周村、岗头）。
芦苞镇（440607105）　辖1个社区（芦苞）、6个村委会（上塘、刘寨、四联、西河、独树岗、四合）。 2008年，迳口华侨经济区与六和镇合并，建置迳和镇，管辖4个社区、1个村委会。
2009年，迳和镇更名为南山镇。
截止至2009年，三水区管辖2个街道（西南街道、云东海街道）5个镇（白坭镇、乐平镇、大塘镇、芦苞镇、南山镇）。
西南街道（440607001）管辖13个社区、4个村委会。
云东海街道管辖1个社区，4个村委会。
大塘镇（440607101）管辖2个社区、7个村委会。
乐平镇（440607103）管辖3个社区、14个村委会。
白坭镇（440607104）管辖1个社区、2个村委会。
芦苞镇（440607105）管辖1个社区、6个村委会。
南山镇管辖4个社区、1个村委会。